除了農業污染，水庫上游的白河峽谷一線，京都第一瀑、黑龍潭等著名景點及難以計數村莊、農家樂順流排列，未經處理的生活污水不間斷地匯入河中。在北京南部地區，部分百米之內的水井已渾濁不堪。

　　調查發現，在基本擺脫了大型工業的點源污染后，地表水源潮白河及密云水庫正一步步身陷農田、農村和旅游業直排的層層包圍，密云水庫已呈中度富營養化，并有可能加劇。

　　北京市近3000萬居民每喝的三杯水中，一杯來自地表，經潮河、白河交匯于密云水庫；兩杯來自地下，供水井近3萬眼。

　　由于地表水源地面積廣大，污染零星而分散，并且與農村民生息息相關，監控治理難免顧此失彼；地下水的監測、評價材料殘缺不全，水利、環保、國土等部門條線分割明顯，一旦遭受污染，治理技術、時間及費用超乎想象，幾近束手無策。

　　北京飲用水水源地保護形勢嚴峻。

　　農業、度假村污染圍困水庫

　　水源地附近的農村非點源污染更加難以控制。

　　密云水庫，承載著2000多萬北京居民近三分之一的飲用水源，在基本擺脫了工業點污染源后，目前卻逐漸陷入農業直排的層層包圍之中。

　　不論從哪個方向抵達密云水庫，都必須穿越大片茂密的農田，為爭取寶貴的種植資源，農民將玉米一直推到了岸邊。

　　在密云水庫西北角，記者看到，玉米地的邊緣距離水庫僅有十幾米遠，而這短短的十幾米間隔還是因為庫邊坡度不適宜種植，水庫與農田并沒有明顯的過渡地段。

　　在農田中記者發現了大量農藥、化肥的包裝。

　　農民顯然知道其強烈藥效，一位在田間耕作的農民告訴記者：“百草枯用水稀釋后，應噴灑在地面上，千萬不能直接用在玉米上，否則作物就死了。”該農民指著不遠處一小片枯黃的玉米，“那些都是不小心沾到了藥物。”在距離水庫更遠處，記者還發現了隨意傾倒的獸用醫療垃圾的現象。

　　達爾問自然求知社專業的儀器檢測表明，密云水庫上游地區的水質好于庫水，檢測結果顯示，潮河上游入庫河流可達到二類水中的偏上水平，甚至個別河段達到了一類水，但密云水庫的水質則處于二類水的偏下水平，COD、總磷等數值明顯高于上游。

　　《2012年北京市環境狀況公報》的數據顯示，密云水庫總體達到二類水體，適于作為飲用水水源，但已呈中度富營養化。