2013年度相對2012年度組織工作要求來說，重大儀器專項工作要求凸顯很多亮點和變化，其中主要有五點:

1、支持方向有了變化,并明確指出不予支持的儀器種類

工作要求中明確指出重點關注“科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、高端電子顯微鏡、近紅外分析儀器、電子測量儀器等重大科學儀器設備”,其中科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、近紅外分析儀器是2013年度新增加的支持方向。此外,工作要求還指出“一般的儀器原理和方法研究,商業(yè)化前景不明確的儀器開發(fā)工作,不屬于儀器專項范疇”,具體到儀器種類,明確表明“臨床醫(yī)療儀器、生產設備、機械裝備以及平臺建設等,不屬于儀器專項的支持方向。”

2、明確支持企業(yè)為項目承擔主體,提高對企業(yè)方的要求

2013年度工作要求明確“支持有條件的企業(yè)牽頭承擔”。但對于企業(yè)牽頭或企業(yè)承擔產業(yè)化工作的企業(yè)又有嚴格要求,如企業(yè)需在中國大陸境內注冊、企業(yè)是高新技術企業(yè)或達同等條件、項目要與企業(yè)重點發(fā)展方向相符等。

此外,工作要求還指出“牽頭承擔項目的,企業(yè)投入的自籌研發(fā)經費應不低于國撥經費;非牽頭承擔項目,但承擔產業(yè)化工作的,企業(yè)投入的自籌研發(fā)經費應不低于所獲得的國撥經費。企業(yè)投入的自籌研發(fā)經費應用于項目研發(fā)活動,而不得用于生產線、廠房等產業(yè)化能力建設。”

3、首次實施財政資助節(jié)點,力求保證支持項目的成功

工作要求中新增探索財政資助節(jié)點改革措施,明確規(guī)定“針對企業(yè)牽頭項目,先立項,項目前半段主要由承擔單位自籌經費實施,專項經費資助10%;經中期評估確認,有繼續(xù)開發(fā)意義的,后半段再主要由專項經費給予支持。”這點應該是重大儀器專項實施以來最大的變化,強調風險共擔。

4、明確項目涵蓋的內容,以及參與單位的職責

工作要求中明確每個項目應包括“儀器開發(fā)（含軟件開發(fā)）、應用開發(fā)和工程化開發(fā)等類型工作,同時,還應提出項目產業(yè)化策劃方案”,并且要求“除儀器設備開發(fā)單位外,產業(yè)化單位、應用單位也應從項目設計開始,全程參與項目的組織和實施工作。”

5、新增4個項目組織部門（地區(qū)）,并首次出現(xiàn)試點地區(qū)

工作要求中新增中國航天科技集團公司、中國航天科工集團公司、中國船舶重工集團公司以及中國航空工業(yè)集團公司4個組織部門,并明確天津、浙江、四川、貴州以及陜西為5個試點地區(qū)。